流式实验跑完以后，真正拿去画图和做统计检验的，通常不是一幅一幅单独的图，而是从各个样本和各个群体里汇总出来的Count、Frequency、MFI这类统计值。要把FlowJo里这些群体的统计结果导出来，或者对多批统计结果进行批量汇总，主要都是围着Table Editor这个工具来完成的。FlowJo的官方文档也写着，Table Editor常常被人们用来把MFI、Count、Frequency等信息导出成Excel或CSV这类格式。

　　一、FlowJo群体统计结果怎么导出

　　在正式导出数据之前，得先确认好门控的那套层次已经应用到了所有的样本上。如果门控在各个样本之间不一致，那就算后面导出来的表格再完整，放在一起也是没有可比性的。

　　1、先把需要的统计项添加进去

　　在Workspace里选中那个目标群体，然后点一下统计按钮，或者到Graph Window里面通过【Add Statistic】把Count、Frequency、Median、Mean或者MFI这些指标给加上。FlowJo允许对子群体去添加统计项，还可以把建好的统计定义直接拖到其他样本或群体上，省得每处都重新做一遍。

　　2、打开Table Editor

　　把Table Editor给点开，接着用鼠标从Workspace里把要做统计的那些样本、群体，或者统计项，直接拖进这个表格里来。要是表格里还缺什么内容，也可以在Table Editor中通过【Add Columns】来添加新的列，然后分别去选好Statistic、Population和Parameter这些参数。

　　3、把表格的列设置好

　　常用的列一般要包括Sample Name、Group、Population、Count、%Parent、%Total，还有Median Fluorescence Intensity这些东西。每一列的标题要写得清楚一些，不要只留着软件默认的名字，不然等后面导出到Excel里面以后，就很难一眼分出哪个指标是从哪里来的。

　　4、把文件给导出来

　　在Table Editor的Output这一块，点击【To File】，然后从CSV、Excel、Text这些格式里面挑一种，再去设好文件要存到哪个路径。FlowJo官方文档也说明了，Table Editor是支持好几种导出格式的，像Text、CSV、Excel、HTML、SQL、XML之类的都能用。

　　二、FlowJo群体统计结果怎么进行批量汇总

　　要想把一批样本的统计结果高效地汇总起来，关键就在于做出一套表格模板之后，把它套到多个样本上，而不是对着每一个样本再单独去复制一次。

　　1、先按分组把样本整理好

　　在Workspace里面，把样本按照实验组、处理组、批次或者时间点之类的关系给分好，比如将Control、Drug A、Drug B分别建成不同的Group。这样在后面用Table Editor做批量统计的时候，样本分了组，结果再去整理就会容易得多。

　　2、建好一套统计用的模板

　　在Table Editor里头，拿一个最有代表性的样本当例子，先把表格的列结构给搭好，这里面应该包括样本名、群体、频率、绝对数量以及荧光强度这些信息。等到确认表格里显示出来的东西都正确无误了，再拿它去给整个组别的样本进行批量生成。

　　3、去执行Batch生成

　　FlowJo的Table Editor可以拿来做批处理，能一次性地把summary statistics、gate frequencies、keywords还有formulas这些数值都给跑出来。当表格被设置好了以后，只要把需要批量处理的那一组样本选中，然后执行一下Batch，就能生成出一张完整的统计表。

　　4、导出以后再到Excel里接着汇总

　　导出来的CSV或者Excel，还可以进一步按照样本名、分组、群体名称这些东西去做透视表。比较常见的汇总方式是让每一行对应一个样本，每一列对应一个群体的指标，比如放在列上的有CD4%Parent、CD8%Parent、Treg MFI这类数值，这样到了后面再做统计检验和作图，就会顺手得多。

　　三、FlowJo统计结果导出后该怎么去检查

　　把统计表格导出来以后，并不能光看这个文件能不能打得开就算完事，重点是要去核查一遍门控、样本的先后顺序，还有各类指标的口径是不是全都对得上。

　　1、检查一下群体的名称

　　同一个群体放到不同的样本里面，它的名称必须是一模一样的，假如T cell、T cells、CD3+T cell这些名字被混着用，那等到做批量汇总的时候，软件就会把它们当成是毫不相干的群体来对待。

　　2、检查一下统计所用的口径

　　%Parent、%Total和%Gated这三样东西，各自的含义是不同的，在报告里面一定得写明白采用的到底是哪一种比例。至于MFI，同样还要确认一下它用的是Mean还是Median，不要把它们混在同一列里面去比较。

　　3、检查一下异常样本的情况

　　要是发现某个样本的Count特别低，MFI又高得离谱，或者某个群体干脆就是空的，这时候就应该回到Workspace里面去，检查一下门控是不是划偏了、样本文件有没有丢、补偿和变换的设置是不是跟其他样本一致的。

　　4、把表格模板给保存下来

　　等确认好表格里面各个列的设置都没有毛病了以后，顺手把当前的Workspace或者表格模板给存起来。等到下一次再做同类型的实验时，就可以直接把它拿出来用，这样也能少掉很多重新去拖拽统计项时容易冒出来的小错误。

　　总结

　　在FlowJo里导出群体统计数据，主要的操作就是先通过Table Editor把统计项给添上，接着把样本和群体拖进表格，最后再导出成CSV或者Excel。要是想进行批量汇总，那可以先统一一下门控和样本分组，然后建好一套表格模板，最后再去执行Batch。等到数据出来以后，再重点去核对一下群体的名称、统计口径、那些异常样本，以及模板有没有被保存好，这样得到的统计结果，才比较适合接着去做统计分析和论文里的那些图表。